En las versiones Comercial o Contable tenemos la opción Toma Física de Inventario dentro del menú Inventario, presionamos en el botón nuevo y nos va a pedir de que establecimiento y que categoría queremos revisar, presionamos el botón Generar y me trae todos los ítems pertenecientes a esa categoría, los ítems que tienen diferencias ponemos la cantidad que tenemos físicamente en stock en la columna stock contado y guardamos.
Una vez guardado y si ya hemos puesto las cantidades contadas, en el listado de tomas físicas, seleccionamos la última y presionamos el botón Tomar Acción.
Esto nos trae una ventana para realizar el ajuste de inventarios, el sistema me va a crear ingresos de inventario y bajas de stock según las cantidades contadas en los ítems que tenían diferencias, debemos poner un proveedor para que con ese proveedor se creen los ingresos de inventario en caso de existir, es obligatorio el proveedor, en el caso de la versión contable me va a pedir las cuentas contables para las bajas y los ingresos; luego presionamos guardar y se ajustan los inventarios de esos productos.
De esa manera realizamos un ajuste de inventarios.